本季皇家马德里经常从裁判误判中得益，最后仅以3分之差夺冠。[65]更惹争议的是赛会主席身为皇马球迷，更声言希望皇马夺冠。裁判组在离开比利亚雷亚尔主场时，手里都拿着印有皇马队徽的手提袋。
先是越位进球竟屡屡获判有效。第2轮对塞尔塔，莫拉达凭越位进球先开纪录，最终比分2-1。第19轮对马拉加，拉莫斯2-0的进球亦为越位，最终比分2-1。
再有皇马球员严重犯规逃过处分。第15轮对拉科鲁尼亚，拉莫斯逃过红牌，最终比分3-2。还有拉莫斯第4轮对西班牙人、克里斯蒂亚诺·罗纳尔多第18轮对塞维利亚、纳瓦斯第26轮对贝蒂斯等。
对手于皇马禁区皇马守将侵犯遭漏判点球。如第4轮对西班牙人拉莫斯和比比各避过一个点球，最终比分2-0。第26轮对贝蒂斯，门将纳瓦斯出迎扑跌单刀，逃过红牌及点球。第21轮补赛对塞尔塔，拉莫斯禁区内犯规，不单逃过点球，塞尔塔球员反而遭误判假捽拎红牌离场。
反之皇马却经常不合理获得点球，当中包括假摔（假捽）。第10轮对阿拉维斯凭误判点球扳平比分。第13轮对希洪，华斯基斯假捽获得点球，最终比分2-1。塞维利亚于第18轮亦遭殃，最终比分2-1。
另外2017年4月23日第32轮对巴塞罗那，梅西上半场遭马塞洛打伤流血，但裁判竟没有任何判罚。拉莫斯侮辱裁判赛会亦未有处分。
赛季结束后，裁判埃尔南德斯（Alejandro Hernandez）表示为第20轮巴塞罗那对贝蒂斯的比赛中，有一次攻势皮球明显越过了白界，却没有判进球而愧疚，最终比分1-1。[66]